1943 - 1990
Kriegsjahre bis 1945
Nach kriegsbedingter Einstellung der Bauarbeiten am Kanal fanden in den drei Kriegsjahren 1943 bis 1945 keine Bautätigkeiten statt. Beim Rückzug der Wehrmacht wurden zum Glück keine Brücken gesprengt oder andere Bauwerke beschädigt. Auch führten die zahlreichen Bombenangriffe auf Leipzig und die LEUNA-Werke nicht zu Beschädigungen am Kanal.
1945 - 1949
Im Frühjahr 1947 reichte die SED im Leipziger Stadtrat einen Antrag auf Fertigstellung des Kanals ein. Die Politiker im sächsischen Landtag setzten sich für eine schnelle Fertigstellung des Kanals ein und beschäftigte sich intensiv mit diesem Thema. Ebenso wie die sächsischen Politiker stimmte auch der Landtag der damaligen Provinz Sachsen-Anhalt für eine Vollendung des Südflügels. Im Wirtschaftsplan für das Jahr 1948 wurden jedoch weder die Fertigstellung des Saale-Elster-Kanals noch der Saaleausbau auch nur erwähnt. Das Dezernat für Bau- und Verkehrswesen und der damals amtierende Leipziger Oberbürgermeister sahen eine Möglichkeit, zumindest die Fertigstellung des Kanals in den Zweijahresplan aufzunehmen. Ihre gemeinsame Denkschrift wurde im August 1948 an die Deutsche Wirtschaftskommission (DWK) übergeben - leider ohne entsprechende positive Reaktion.
1949 - 1990 (DDR)
Da der Kanal weiterhin unvollendet war, wurde er schnell "zu Ader" gelassen. Beide Sperrtore wurden um 1949 demontiert und zum Oder-Havel-Kanal verbracht. Ebenso wurden die Kanalbrücke Nummer 1 und 3 demontiert und zur Saale umgesetzt. Im Jahr 1967 nahm die Wasserstrasseninspektion Magdeburg eine Bestandsaufnahme der Wasserstraße Saale einschliesslich des Saale-Elster-Kanals vor. Für einen Ausbau der Saale oberhalb Hafen Trotha und Fertigstellung des Saale-Elster-Kanals wären jetzt 179 Mio. Mark notwendig gewesen. Die geringen finanziellen Mittel für die Binnenschifffahrt flossen damals in den Havelkanal, um Westberlin auf dem Wasserweg zu umgehen. In der Ölkrise 1981/82 wurden vom Verkehrsministerium der DDR und der Binnenschifffahrt erneut Vorlagen für eine Fertigstellung des Kanals erarbeitet. Jetzt wurde sogar eine stärkere Nutzung der Saale unter Anbindung der Stadt Leipzig untersucht. Doch auch dieses Ergebnis verwundert nicht wirklich, das Projekt wurde als unrentabel eingestuft. Genutzt wurde der Kanal ab Mitte der 70er Jahre lediglich zur Bewässerung der angrenzenden Ackerflächen.